Das Stift Seitenstetten ist ein Kloster der Benediktiner (OSB) in Seitenstetten an der Moststraße im Mostviertel (Niederösterreich).
Seitenstetten liegt an der Voralpenbundesstraße (122) ungefähr in der Mitte zwischen Amstetten und Steyr. Der eigene Bahnhof „St. Peter-Seitenstetten“ (Westbahnstrecke) liegt ca. 2,5 km vom Ort entfernt.
Erstmals 1109 urkundlich erwähnt gründete Udalschalk – oder Udiskalk – 1112 an der heutigen Stelle ein Mönchskloster, dem er seinen ganzen Erbbesitz in Seitenstetten, in Grünbach, Heft und in Stille (im heutigen Oberösterreich) widmete. 1114 zogen Benediktiner aus Göttweig in die neue Stiftung ein. 1116 weihte Bischof Ulrich I. von Passau, ein Verwandter von Udalschalk, die neue Stiftskirche und verlieh dem Stift die ausgedehnte Pfarrei Aschbach. 1142 erhielt das Stift auch die große Pfarrei Wolfsbach. Aus diesen zwei Großpfarren gingen alle vierzehn Pfarreien hervor, die das Stift heute noch betreut.
Um 1180 schenkte Wichmann von Seeburg, Erzbischof von Magdeburg dem Stift die ausgedehnten Waldungen an der Ybbs, mit der Auflage, dort eine Zelle zu errichten und ständig Gottesdienste zu feiern. Aus dem Gründungsjahrhundert stammt auch bereits der erste Hinweis auf eine Klosterschule in Seitenstetten.
Trotz mancher Rückschläge durch zwei Klosterbrände und durch Besitzstreitigkeiten nahm das Kloster einen allmählichen Aufschwung. 1347 zählte der Konvent 22 Mitglieder. Nach längerer Verfallszeit setzte sich mit Abt Benedikt I., der vorher Schottenprior in Wien gewesen war, auch in Seitenstetten die Melker Reform durch und brachte einen Aufschwung des religiösen und kulturellen Lebens. Dieser Abt ließ 1440 auf dem Sonntagberg eine Kapelle erbauen und weihen und begründete damit die Sonntagberger Wallfahrt unter der Obhut des Stiftes. Die Reichstürkenhilfe, vor allem aber die Reformation, setzten dem Stift hart zu. Die Zahl der Brüder nahm rasch ab.
Erst Abt Christoph Held (1572–1602), vom kaiserlichen Klosterrat kräftig unterstützt, leitete die geistige Erneuerung ein. Unter den folgenden Äbten hielt die Barockkunst Einzug. Bayern und Schwaben erhöhten den Mitgliederstand des Konvents. Aber erst nach dem Dreißigjährigen Krieg gelang es Abt Gabriel Sauer (1648–74), das Stift wirtschaftlich zu festigen und den Konvent religiös auf einen Höhepunkt zu führen. Auch eine große Bautätigkeit konnte nun einsetzen:
Abt Benedikt II. Abelzhauser (1687–1717) ließ durch Jakob Prandtauer die Wallfahrtskirche Basilika Sonntagberg errichten. Von 1718 bis 1747 wurde der heutige barocke Stiftsbau errichtet. Die Mittel dazu lieferten vor allem das Kupferbergwerk in der Radmer (Steiermark) und das Messinghüttenwerk Reichraming (Oberösterreich).
Nach der schweren Zeit des Josephinismus und der Franzosenkriege erlangte das Stift um die Jahrhundertwende seine höchste Blüte. Abt Theodor Springer (1920–58) führte das Stift aus der Wirtschaftskrise nach dem Ersten Weltkrieg heraus und rettete das Stift ohne Aufhebung durch den Zweiten Weltkrieg.
Unter Abt Albert Kurzwernhart (1962–84) wurden am Sonntagberg, in den übrigen Pfarrkirchen, vor allem aber in der Stiftskirche umfangreiche Renovierungsarbeiten durchgeführt.
Von 1985 bis 1991 wurde das gesamte Klostergebäude unter Abt Berthold Heigl außen vom Keller bis zum Dach restauriert. Der barocke Klostergarten im Westen des Klosters gilt als Schmuckstück des Klosters und wurde Mitte der 1990er Jahre unter dem amtierenden Abt wieder belebt und öffentlich zugänglich gemacht. Es finden dort heute Konzerte, Feiern und einmal im Jahr Gartentage mit Ausstellungen diverser regionaler Gartenmöbelhersteller statt. Im Jahr 2012 feierte das Stift mit vielen festlichen Veranstaltungen sein 900-jähriges Bestehen. Anlässlich dieses Jubiläums wurde für das Stiftsgymnasium eine moderne neue Turnhalle errichtet und im Jubiläumsjahr in Betrieb genommen. Die Gesamtkosten für den Turnhallenneubau beliefen sich auf etwa drei Millionen Euro. Fast die Hälfte waren vom Stift zu übernehmen, der Rest wurde durch Spenden, Bund und Land finanziert. Das Stiftsgymnasium feiert 2014 sein 200-jähriges Bestehen. Die neue Halle gilt als "Geburtstagsgeschenk".
Am 8. Februar 2013 wählten die 30 Mönche des Konvents Pater Petrus Pilsinger noch vor dem Mittagsgeläut zum neuen Abt; die Kürze der Wahl ist ein Indiz für seinen starken Rückhalt in der Gemeinschaft. Am 21. März wurde er in sein Amt eingeführt, am Ostermontag 2013 wurde er durch den Bischof Küng zum Abt geweiht.
Nach dem Stift Seitenstetten wird auch der Farbton des Seitenstettner Gelbs bezeichnet.