Seit 1687 ist das Kloster Säben ein Benediktinerinnenkloster, welches von Nonnen des Salzburger Nonnberges erstmals bezogen wurde, und noch heute von Klausurschwestern bewohnt wird. Die Weihe der Klosterkirche erfolgte durch Fürstbischof Johann Franz Graf Khuen von Belasi.
Auf dem Säbener Berg befinden sich vier Kirchen, die Heilig-Kreuz-Kirche, die Marienkapelle, die Klosterkirche und die Liebfrauenkirche, deren acht Marienleben-Bilder im Deckengemälde der Tiroler Barockmaler Stephan Kessler geschaffen hat.
Säben (lat. Sabiona), gelegen auf dem Heiligen Berg oberhalb von Klausen, war schon in der Jungsteinzeit besiedelt, am Ort des heutigen Klosters befand sich früher eine spätrömische Siedlung. Es war auch das Zentrum, von dem aus in ganz Südtirol der christliche Glaube verbreitet wurde, siehe Archäologische Funde auf Kloster Säben.
Vom 6. Jahrhundert bis ca. 960 befand sich hier ein Bischofssitz, zu dem auch die im frühen 5. Jahrhundert errichtete und ausgegrabene Kirche im Weinberg und ein großes Gräberfeld gehörten. Urkundlich belegt ist Bischof Ingenuin 579 als Teilnehmer der Synode von Grado. Der hl. Ingenuin ist in der Heilig-Kreuz-Kirche beigesetzt.
Am 13. September 901 schenkte König Ludwig IV. dem Bischof Zacharias den Meierhof Prichsna, aus dem später Brixen entstehen sollte.
Der Bischofssitz wurde spätestens 960 unter Bischof Richbert nach Brixen verlegt. Danach blieb Säben eine bischöfliche Wehrburg. Im 14. und 15. Jahrhundert war die Burg Säben Sitz des Richters von Klausen und Verwaltungsmittelpunkt der südlichsten Gebiete des Bistums Brixen.
Auf betreiben von Kanonikus, Stadt- und Spitalspfarrer Matthias Jenner kamen im Jahr 1685 die ersten Nonnen 3 Chorfrauen und 2 Laienschwestern aus dem Stift Nonnberg in Salzburg nach Säben um das neu errichtete Kloster zum Heiligen Kreuz auf Säben zu beleben. Die Gründungsurkunde des Fürstbischofs Johann Franz von Kuen, vom 21. November 1686, bestätigt die Errichtung des neu erbauten Klosters. 1699 wurde das Kloster zur Abtei erhoben und Maria Agnes Zeillerin zur ersten Äbtissin erwählt.
1974 wurde das Kloster in die Beuroner Kongregation aufgenommen. Die kontemplativen Benediktinerinnen leben in strenger Klausur, widmen sich dem Chorgebet und der häuslichen Arbeit, kümmern sich aber auch um Pilger und nehmen im Sommer Gäste im Gästehaus auf.
Von 1970 bis 1996 leitete die aus der Abtei Herstelle stammende Schwester Marcellina Pustet als zehnte Äbtissin die Gemeinschaft. 1996 wurde Sr. Maria Ancilla Hohenegger zur elften Äbtissin des Klosters geweiht.
