Der Funtensee ist ein Karstsee im Gebirgsmassiv des Steinernen Meeres im Nationalparks Berchtesgaden und liegt auf einer Höhe von 1.601 m ü. NN. Überregionale Bekanntheit hat der See durch die lagebedingten Kälterekorde erlangt, die allerdings für die umgebende Region nicht als repräsentativ anzusehen sind.
Die Fläche des Funtensees beträgt etwa 3,5 Hektar, die Länge seiner Uferlinie beträgt ca. 780 m. Seine größte Tiefe liegt bei rund 5,30 m, die durchschnittliche Tiefe zwischen 2,50 und 3,00 m. Das Wassereinzugsgebiet umfasst circa 10 km². Der See hat keinen oberirdischen Abfluss.
Gespeist wird der Funtensee vorwiegend von oberirdischen Zuflüssen wie dem Stuhlgraben (aus dem Südosten, circa 1.600 m lang) sowie dem vom Westen kommenden Rennergraben (circa 900 m lang).
Der See hat keinen sichtbaren Abfluss. Am östlichen Seeufer ist an der Teufelsmühle hinter einer Felswand ein gurgelndes Geräusch, der unterirdische Abfluss des Überwassers, zu hören.
Ein wenig oberhalb des Sees liegt das Kärlingerhaus, eine große Alpenvereinshütte, die in der Sommersaison bewirtschaftet wird. Der Winterraum dieser Hütte ist ganzjährig geöffnet.
Der Funtensee liegt in einer Senke, die über einen längeren Zeitraum durch kontinuierlich fortschreitende Erosionsprozesse entstanden ist.
Eine auf diese Art und Weise entstandene Senke wird in der Geomorphologie als Uvala bezeichnet. Die dabei durch Korrosion (Kalklösung) gebildeten Dolinen wurden von einem bis zu 350 m mächtigen Gletscher während der letzten Eiszeit noch tiefer ausgeschürft.
Nach dem Abschmelzen des Gletschers hinterließ dieser ein Grundmoränenmaterial, welches die am Grunde des Sees liegenden Abflüsse abdichtete.
Der Talkessel des Funtensees war bis vor wenigen Jahrzehnten auch ein Gebiet, das während der Sommermonate ein Almgebiet bildete. Die dort betriebene Weidewirtschaft wurde allerdings nach 1964 endgültig eingestellt.
Auf Initiative von Jörg Kachelmann, der hier vermutete, Rekord-Kältewerte messen zu können, errichtete der von ihm gegründete private Wetterdienst Meteomedia eine Wetterstation am Funtensee. An Weihnachten 2001 registrierte die Station mit −45,9 °C die tiefste in der Bundesrepublik je gemessene Temperatur; daher gilt der Funtensee als der „Kältepol“ Deutschlands.
Erklärbar ist dieser extreme Wert durch die besondere Lage des Sees: Er ist rings von Bergen umschlossen und liegt in einem Becken. Im Winter können die Strahlen der tiefstehenden Sonne hier kaum eindringen. In klaren Nächten strahlt die Restwärme ab. Da die kalte Luft nicht abfließen kann, bildet sich ein Kaltluftsee. Am 25. Januar 2000 wurde direkt am Funtensee eine Temperatur von −45,8 °C gemessen, 100 m oberhalb lag die Temperatur bereits rund 27 °C höher. Die sogenannte umgekehrte Baumgrenze (der Wald reicht nur bis circa 100 m oberhalb des Talkessels von den umgebenden Bergen herab, während das unmittelbare Seeufer und der untere Talkessel völlig baumfrei sind) ist keine Folge des Kaltluftsees, sondern durch die Nutzung als Almweide zu erklären.
Im heißen Juli 2006 war der Funtensee Deutschlands einziger Ort
mit Nachtfrost (−0,5 °C).
